木马程序一般的启动方式有：加载到“开始”菜单中的“启动”项、记录到注册表的HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run项和HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\[Run项中，更高级的木 马还会注册为系统的“服务”程序，以上这几种启动方式都可以在“系统配置实用程序”（在“开始→运行”中执行“Msconfig”）的“启动”项和“服务”项中找到它的踪迹。
另一种鲜为人知的启动方式，是在“开始→运行”中执行“Gpedit.msc”。 打开“组策略”，可看到“本地计算机策略”中有两个选项：“计算机配置”与“用户配置”，展开“用户配置→管理模板→系统→登录”，双击“在用户登录时运行这些程序”子项进行属性设置，选定“设置”项中的“已启用”项并单击“显示”按钮弹出“显示内容”窗口，再单击“添加”按钮，在“添加项目”窗口内的文本框中输入要自启动的程序的路径，单击“确定”按钮就完成了。
重新启动计算机，系统在登录时就会自动启动你添加的程序，如果刚才添加的是木马程序，那么一个“隐形”木马就这样诞生了。因为用这种方式添加的自启动程序在系统的“系统配置实用程序”是找不到的，同样在我们所熟知的注册表项中也是找不到的，所以非常危险。
通过这种方式添加的自启动程序虽然被记录在注册表中，但是不在我们所熟知的注册表的HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run项和HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\[Run项内，而是在注册表的HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Run项。如果你怀疑你的电脑被种了“木马”，可是又找不到它在哪儿，建议你到注册表的HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Run项里找找吧，或是进入“组策略”的“在用户登录时运行这些程序”看看有没有启动的程序。
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