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黄金长老

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只看楼主倒序阅读使用道具楼主发表于: 2019-04-11 14:55:31

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GSL Biotech SnapGene是容易使用的一个分子生物学应用程序。目前，您实验室内的任何DNA都可以记录在电子文件中，并与全球免费的SnapGene Viewer软件共享。
功能特点
In-Fusion®克隆是一种多功能的多功能方法，用于产生无限的遗传连接。SnapGene是第一个模拟这种方法的软件。只要选择你想混合的DNA片段，程序就会进行设计。
GibsonAssembly®：许多研究人员正在将Gibson大会变成质粒，而不使用有限的酶。DNA部分通过PCR连接以产生干扰。
PCR＆Mutagenesis：设计引物后，可用于模拟常规PCR，PCR扩增或诱变。DNA序列文件的结果立即可用于进一步操作。
身份验证：自动记录模拟项目中的步骤。每次编辑或模拟序列时，该方法都会自动记录在图形历史记录中。在模拟DNA结构的创建之后，您可以使用历史记录作为测试协议。
琼脂糖凝胶电泳：使用先进的算法来创建逼真的琼脂糖模拟。有限的部分以三种模拟的凝胶格式显示，数字列表和序列图。您可以使用此模拟凝胶计划诊断限制或将图片与预测模式进行比较。

重叠群大会线性或环状重叠群可以从重叠序列或Sanger序列迹线重新组装。

灵活的对齐现在可以以各种方式导入要对齐的序列。可以提取多个对齐的一部分以生成新的多重对齐，或者可以编辑现有的多个对齐以添加或移除由不同算法生成的对齐。

Nicking Enzymes可以显示Nicking核酸内切酶。当选择跨越从线性序列的末端到切口核酸内切酶位点时，可以通过按Delete删除该单链区域。

点特征现在，DNA序列支持零长度点功能，并在从GenBank，MacVector或Gene Construction Kit导入文件时识别。

酶网站突出显示常用的酶位点可以用黄金突出显示，以便快速识别。

协调一致性增强多重比对的共识序列具有改进的格式，现在可以复制或导出。

用于与参考序列对齐的存储编辑根据流行的需求，当通过调整比对序列的端点编辑与参考DNA序列的比对时，保留和恢复那些编辑。

从其他文件格式导入功能可以将特征导入到BED，GFF3或GTF格式的DNA序列中。

从UniProt导入可以从UniProt数据库导入蛋白质序列记录。

进口基因组编译器项目
现在可以在SnapGene中直接打开Genome Compiler项目文件（.gcproj）。对于施工项目文件，在“历史记录”视图中捕获施工历史。

引物添加日期将引物添加到文件时，会记录日期。引物可按添加日期排序。

读取和写入对齐文件格式
SnapGene可以导入比对以在SAM / BAM和参考序列矢量NTI® .cep格式，并且可以比对导出到SAM / BAM格式的参考序列。

GSL Biotech SnapGene功能和特点

In-Fusion®克隆是一种多功能的多功能方法，用于产生无限的遗传连接。SnapGene是第一个模拟这种方法的软件。只要选择你想混合的DNA片段，程序就会进行设计。
GibsonAssembly®：许多研究人员正在将Gibson大会变成质粒，而不使用有限的酶。DNA部分通过PCR连接以产生干扰。
PCR＆Mutagenesis：设计引物后，可用于模拟常规PCR，PCR扩增或诱变。DNA序列文件的结果立即可用于进一步操作。
身份验证：自动记录模拟项目中的步骤。每次编辑或模拟序列时，该方法都会自动记录在图形历史记录中。在模拟DNA结构的创建之后，您可以使用历史记录作为测试协议。
琼脂糖凝胶电泳：使用先进的算法来创建逼真的琼脂糖模拟。有限的部分以三种模拟的凝胶格式显示，数字列表和序列图。您可以使用此模拟凝胶计划诊断限制或将图片与预测模式进行比较。

win版安装破解教程

1、下载并解压，双击snapgene_5.3.1_win.exe运行，点击浏览选择安装目录E:\SHANDIANXIAZAI\SnapGene，点击next

2、检查您想要安装的组件，并取消选中您不想要的组件，选择完成后点击next

3、点击install安装

4、安装中，速度非常快，稍等片刻即可

5、点击finish退出向导

6、软件安装完成后，复制注册机到软件安装目录下，按照下面的步骤操作【重要】右键管理员身份运行”ActivationCrack.exe”，Name输入注册名，点击”Patch and Register”注册机会提示版本不一致，点击yes。
7、复制”SnapGene.exe”到软件安装目录下替换原文件默认安装路径C:\Program Files (x86)\SnapGene
8、破解完成

使用教程

一、 SnapGene中的几个View介绍
View1:Map
1. 打开一个质粒图谱文件，在Topology option处选择circular。得如下界面：

[attachment=220479]显示质粒图谱的酶切位点。右侧箭头可显示不同厂家出售的酶。
[attachment=220480]显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。点击其显示的箭头可显示该ORF的片段大小、GC%值等一些信息。
[attachment=220481]显示片段名称。
△给非编码序列命名：如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。点击左侧sequence ，找到两个酶切位点之间的序列。
View2:Sequence
点击Sequence，得到如下界面：

[attachment=220483]显示编码的氨基酸序列，有缩写和全写两种。
View3：
Enzymes
点击Enzymes，得到如下界面：

View4：Features
点击Features，得到如下界面：

显示各个已命名片段的一些特点。
二、对片段进行注释
1.给编码序列命名：
点击其中一个箭头，按Feature→Add Translated Feature，弹出以下窗口：

Feature：给该片段命名。
Type：选择该片段的类型，右侧箭头代表阅读方向。
Color：选择颜色。
2. 给非编码序列命名：[attachment=220487]如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。点击左侧sequence，找到两个酶切位点之间的序列。
3. 给质粒图谱增加引物序列：按Edit→Find，输入引物序列，找到质粒序列对应位置，点击Primers→Addprimer，弹出该界面：

按上下游引物选择TopStrand还是BottomStrand，在Primer处可给该引物命名，随后即可显示该引物在图谱Map中的位置。
三、创建新DNA文件
1. 打开SnapGene，点击New DNA File，弹出以下窗口：

在Create the following sequence窗口下输入DNA序列，并对该文件命名，点击OK。或是点击Import from Genebank，输入NCBI中某序列的access number，点击OK。
2．此时弹出如下窗口：

3.对该序列进行注释：点击Features→Add Feature，对该序列进行命名注释。
△创建质粒图谱文件方法相同。
四、处理序列翻译信息
1.创建一个DNA序列文件，点击[attachment=220491]
2.显示如下箭头：

黄色箭头代表的是上面一条链编码序列，绿色箭头代表的是下面一条链编码序列。
3.点击Sequence，点击[attachment=220493]右侧箭头，选择All 6 Frames，可得到编码序列的所有情况，其中[attachment=220494]代表的是终止密码子。
4.添加内含子：根据内含子的位置，点击Edit→Select Range，输入内含子碱基位置。点击Features→Delete Feature Segment，得到如下图：

紫色粗带为外显子，虚线为内含子部分。
五、引物、PCR和突变绘制
1.PCR引物绘制：在多克隆位点处找到合适的两个酶切位点。如BamHI和XbaI，在目的基因两侧截取15-30bp序列，点击Primers→Addprimers，选择top strand或bottom strand，如图：

给该引物命名，然后点击Insertion，在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列，如图选择了BamHI，点解Insert：

然后在该序列5端上添加数个碱基作为保护碱基。点击完成。
△下游引物设计相同，不再赘述。
2.突变引物绘制：在目的基因上截取一小段包含要突变位点的序列，点击Primers→Add primers，为该引物命名，在5’序列突变位点的三个碱基画黑，如图：

点击Insertions，选择突变成的氨基酸，点击Insert。即可获得该突变引物，点击Reverse Complement，可获得反向引物。
六、模拟标准限制性克隆
1.打开被插入片段的质粒图谱，选择合适的两个酶切位点，如HindIII和ApaI，如图：

点击Actions→Insert Fragment，点击HindIII+键盘Shift键+Apa，点击Insert，在source of fragment处选择插入的目的片段来源。点击上述同样的酶，给该重组质粒命名，点击clone。
七、模拟融合克隆
1. 打开一个需要插入片段质粒图谱，点击Actions→Insert One Fragments，弹出以下窗口：

2. 点击sequence，找到想要发生替换的位点。
3. 点击Fragment，在Source of Fragment处选择替换片段的另外一个质粒图谱。此时弹出另外一个质粒图谱图样。
4. 点击用于替换的片段，观察该片段阅读方向与被替换质粒位点的方向是否一致，如不一致，点击[attachment=220501]更换方向。
5. 选择后，点击Product，点击Choose Overlapping PCR Primers，此时即形成融合后的质粒图谱。
6.若想获得引物的序列，点击Primers→Export Selected Primers，选择保存。

版本5.1.6中的更改（2020年9月16日）新功能
添加了安捷伦TapeStation梯形图。
（由加文·约翰逊要求）
修正
纠正了阻止解码基因构建工具包文件中的功能的回归。
（由Matthew Mulvey等报道）
纠正了阻止将细菌转化菌株应用于克隆产品的回归。
（足立宪吾报道）
修复了应用“限制文件历史记录”首选项的问题。
（由迈克尔·塔施纳报道）
改进了对网关attR1，attR2和attR4站点的检测。
（灵感来自Mily Ron）
改进了为具有多个结合位点的引物调用“编辑引物”对话框时显示的默认结合位点。
（Karim Hyder报道）
已解决了使用跨越数字原点的att站点模拟Gateway克隆的问题。
（Dominic Esposito报道）
删除了关于在-20°C储存时PmlI失去活性的过时评论。
（由Wael Tadros报道）
纠正了在按Enter / Return键时继续执行Import Primers对话框的问题。
（由Stuart Cahalan报道）
修复了在编辑Sanger序列迹线时可能导致峰数据消失的问题。
（由戴尔·考利报道）
纠正了阻止在“引物”视图中按Shift键选择一系列引物的回归问题。
（Dan Kraut报道）
从“退火Oligos”对话框的侧面工具栏中删除了“固定线宽”按钮。
纠正了使用克隆对话框时的各种稳定性问题。
确保连续显示“序列”视图小地图。
修复了在使用自定义本地酶集进行克隆时迁移所选酶的问题。
纠正了一种回归，该回归可能会导致在更改显示的要素时，“浏览常用要素”对话框从“序列”切换到“图”视图。
改进了历史记录操作的工具提示。
确保更改序列甲基化可靠地更新了描述面板中的甲基化状态。
改进了用于DNA比对的文档图标以包括阴影。
纠正了以前进行过的拆分视图的问题。
已解决使用Shift和向左/向右箭头键在路线中跨整个间隙移动选定范围的问题。