CLC Genomics Workbench是一个功能强大的软件解决方案，是基因组学，建模，表观遗传学和元基因组学领域的一整套工具，可帮助科学家和专业人员利用尖端技术，独特功能和算法。慢慢应对分析遗传信息的挑战。这款用户友好的生物信息学软件可让您全面分析NGS数据。您还可以使用此软件查找共生微生物之间的关系，并轻松探索复杂的元基因组数据。
CLC Genomics Workbench软件完全支持NGS平台，例如Illumina，IonTorrent，PacBio和GeneReader，并提供用于基因水平各种分析的细胞RNA工作流程。该软件还允许您在人类疾病研究中取得重要发现，并以最佳方式进行分析。
CLC Genomics Workbench软件的功能：
遗传数据分析
利用先进的技术和算法
NGS数据分析
专业且有吸引力的用户界面
在生物科学领域进行信息的研究和分析
现在可以通过Workbench界面获得参考数据管理工具。它可用于查找，下载和管理参考数据，以及下载和管理参考数据集，然后可在配置要在工作流中使用这些参考数据集。
参考数据可以从公共存储库（例如Ensembl）下载，并且可以从QIAGEN存储库下载与生物医学和面板数据分析相关的参考数据集。
如果Workbench连接到CLC Genomics Server，并且该服务器已配置为允许存储参考数据，则可以使用CLC Genomics Server或网格节点下载数据。
在一些数据选择向导步骤中，现在有两个选项卡：原始导航区域视图，其中显示了用作输入的适当类型的数据，以及新的参考数据选项卡。在“参考数据”选项卡下，可以选择使用“参考数据管理器”的“QIAGEN集”或“自定义集”选项卡获取的参考数据元素作为输入。
引入了一个名为Worklow Role的新概念，允许工作流输入元素链接到参考数据集的数据元素。可以在工作流设计中使用工作流角色配置工作流输入元素。 QIAGEN集中的数据具有预先分配的工作流角色。可以使用参考数据管理器的“自定义集”选项卡下的功能将工作流角色分配给其他数据元素。
现在可以从工具箱的Epigenomics Analysis文件夹下的文件夹中获得三种用于分析胞嘧啶甲基化数据的工具：Map Bisulfite Read to to reference，Call Methylation Levels和Create RRBS-fragment Track。这些工具揭示了基因组范围内的甲基化胞嘧啶和单碱基水平分辨率，支持适应不同实验设计的样品之间的统计学比较，并支持减少的表达序列。
Map Bisulfite Reads to Reference提供了一个选项，可以使全局比对生成没有未对齐末端的读取映射，这在以前是不可能的。
Map Bisulfite Reads to Reference工具中的默认“插入和删除成本”现在是“仿射”。这改善了内部基准测试的结果，因为它打破了在均聚物中结束的读数的默认“线性”评分的对称性（由于读数的计算机转换和3字母字母表的引用，其在亚硫酸氢盐映射中是丰富的）
Improvements since version 12.0 include:- Variants of exactly the same size and location as a specified target region are now called.
- Reference variants without exact matching non-reference variants are now retained if they partially overlap non-reference variants.
- “BLAST Selection Against NCBI” and “BLAST Selection against Local Data” can again be launched directly from sequence selections.
安装包 – Installer
CLC Genomics Workbench 12.0.2 Windows – 64bitCLC Genomics Workbench 12.0.2 Linux – 64bitHomePage:
https://www.qiagenbioinformatics.comLanguage: English
CLC Genomics Workbench12.0.3改进措施- 使用与NCBI通信的工具时，提高了稳定性和性能。使用NCBI的Search for Sequences之类的工具检索大量搜索结果或下载大量序列时，这将提供明显的改进。
- 改进了将报告导出为PDF时图形的位置。
- 在基本型检测中，固定倍性变异检测和低频变异检测工具已被更新：高达变种延伸到超出目标区域的两端50个核苷酸现在报道全面，同时进一步扩展变种将只包括第一靶区域外50个核苷酸。现在，将目标区域右边界处的插入视为目标区域内的变体。
- 当数据放置在网络文件系统（NFS）上时，提高了工作流程执行的稳定性。
Bug修复- 修正导致的邦费罗尼和FDR多个测试更正的问题差异表达的转录组测序和两组差异表达的工具来使用的测试比实际上进行了较大的数目来计算，导致改正它过于严格。更多详情...
- 修复了从BLAST数据库提取大核苷酸序列可以检测为蛋白质序列的问题。
- 修复了本地重新排列工具中的一个问题，该问题可能会影响使用生物医学基因组分析插件的“创建UMI读取”工具创建的映射的重新排列。这个问题有时会导致少数读取在不同的运行中以不同的方式重新排列。更多详情...
提前通知NGS进口商的以下功能将被淘汰，并且在该软件的下一个主要版本中将不可用：- 在Ion Torrent导入器中支持双端读取
- 在Illumina导入器中导入SCARF和QSEQ格式文件
在软件的将来版本中，将删除以下工具：- 比较样本变体轨道
- 根据实验创建曲目
- 识别差异表达的基因组和途径
- 添加倍数更改
- 从重叠基因添加信息
- 创建折页变更记录
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