QIAGEN CLC Genomics Workbench 是一个强大的解决方案，适用于所有人，无论工作流程如何。 工业界和学术界的科学领导者广泛使用的尖端技术以及独特的功能和算法使克服与数据分析相关的挑战变得容易。使用 QIAGEN CLC Genomics Workbench 22 扩展您的研究
现在具有模板工作流程、以矩阵格式导入 RNA-seq 表达数据、用于大型真核基因组的快速长读长组装器、使用 GeneMark-ES 从头预测真核基因、同源重组缺陷 (HRD) 评分和甲基化分析。QIAGEN CLC Genomics Workbench is a powerful solution that works for everyone, no matter the workflow. Cutting-edge technology and unique features and algorithms widely used by scientific leaders in industry and academia make it easy to overcome challenges associated with data analysis.
Scale your research using QIAGEN CLC Genomics Workbench 22
Now featuring template workflows, import of RNA-seq expression data in matrix format, fast long-read assembler for large eukaryotic genomes, de novo prediction of eukaryotic genes using GeneMark-ES, homologous recombination deficiency (HRD) scoring and methylation profiling.Read about the latest improvements.CLC Genomics Workbench 22.0 发布日期：2022-01-11
新功能和改进
模板工作流程
模板工作流可从工具箱获得。这些可以按原样运行，也可以根据您的需要进行复制和定制。提供的模板工作流程是：
识别 DNA 种系变异——检测 DNA 序列数据中种系变异的工作流程。
RNA-Seq 和差异基因表达分析——对单个样本进行 RNA-Seq 分析，然后在这些样本所代表的指定组之间进行差异表达的工作流程。
准备原始数据 - 用于质量报告和适配器修整读数的工作流程，旨在在进一步分析该数据之前使用。
用于注释和操作序列列表的工具
Toolbox | 下的新序列列表文件夹实用工具包含用于处理序列列表的工具。这包括具有新名称和扩展功能的现有工具，以及新工具：
拆分序列列表新工具：拆分核苷酸或肽序列列表。输出可以是指定数量的列表、包含指定数量序列的列表或包含具有特定属性值的序列的列表，例如描述中的术语。
更新列表中的序列属性 新工具：更新和添加有关列表中序列的信息。例如，可以更新描述，或者可以根据 Excel 文件中提供的信息添加新的信息类型。
创建序列列表现有工具。从序列元素和/或序列列表元素创建新的序列列表。以前只能从文件 |新菜单。
访问 Amazon S3 和 BaseSpace
启动工作流时从 Amazon S3 或 BaseSpace 导入数据
将工作流结果保存到 Amazon S3
访问 BaseSpace 中的数据并配置区域 BaseSpace 位置
其他新功能
MGI/BGI 导入器 MGI/BGI fastq 格式文件的导入器。
重命名列表中的序列 通过添加或删除字符或替换部分名称（可选地使用正则表达式）来重命名序列列表中的序列。
重命名元素通过添加或删除字符或替换部分名称来重命名元素，可选地使用正则表达式。
引入了热图图形导出器，用于将热图导出为图形文件格式。
包含制表符分隔值 (.tsv) 的文件可以使用标准导入作为表格导入。
导出 VDJ 工具 以 txt 格式导出 T-Cell VDJ 曲目。
改进的菜单组织和工具访问
新的顶级菜单：
连接 用于与其他系统连接相关的工具和功能，例如 CLC Genomics Server。
实用程序 对于通用工具和功能，例如搜索工具、插件管理器、工作流管理器和参考数据管理器。
其他顶级菜单中工具的内容和顺序的改进
收藏夹选项卡列出了收藏夹工具和常用工具以便于访问，现在除了位于工作台底部左侧的工具箱区域外，还可以在启动对话框和工作流添加元素对话框中使用。
RNA-Seq 和表达分析改进
在 RNA-Seq 分析中改进了对嵌合协议的支持。
RNA-Seq 分析现在在“生物型分布”表中报告频率为 0 的生物型。
当包含在工作流程中时，RNA-Seq 的 PCA 和 RNA-Seq 的创建热图可以仅使用一个样本作为输入运行，从而使其能够用于多样本和单样本分析。
由 RNA-seq 的差异表达和两组差异表达生成的统计比较包括从用作输入的表达样本中获得的生物型。
当使用带有 miRNA 输入的 Create Expression Browser 时，会保留 miRBase ID。
在 miRNA“成熟组”表达表上执行 RNA-seq 的差异表达时，miRBase ID 现在显示在统计比较表中。
多路读取
Demultiplex Reads 现在除了从本地文件导入条形码外，还支持从表格元素设置条形码。
条形码导入表格式已扩展为支持附加列。
条码列可以排序。
运行包含 Demultiplex Reads 元素的工作流程时，工作流程向导可以计算预览并删除条形码，类似于直接从 Toolbox 运行 Demultiplex Reads 时看到的情况。
当提供多个元素作为输入时，“预览”窗格中的信息包括从这些元素中获得的信息。以前，只使用第一个输入元素。
BLAST 相关更新
BLAST 已升级到 BLAST+ 2.12.0，其中包括许多改进和错误修复。可以在
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777 上查看 BLAST+ 2.12.0 更改的完整列表。
在 NCBI 使用 BLAST 可用的数据库列表已扩展，包括添加了‘16S 核糖体 RNA 序列（细菌和 Arch
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