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[行业软件]Thermo Proteome Discoverer 3.1 授权 [复制链接]

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离线pony8000
 

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2024-04-21
只看楼主 倒序阅读 使用道具 楼主  发表于: 2023-08-26 09:27:49


使用 Thermo Scientific™ Proteome Discoverer™ 软件鉴定和定量分析复杂生物样品中的多肽和蛋白质。Proteome Discoverer 软件简化众多蛋白质组工作流程,从蛋白质和多肽鉴定到 PTM 分析,再到同量异位质量标记以及 SILAC 和非标记定量。它支持多种数据库搜索算法和多种解离技术。采用 MSAID 出品的智能 INFERYS™ Rescoring 和 CHIMERYS™ 搜索引擎,不仅仅局限于搜索,还可以探索,从而大幅增加特异性多肽鉴定的数量。


Proteome Discoverer 软件支持多种解离技术、定量技术和数据库搜索算法,可进行全面的蛋白质鉴定、表征和定量。
综合
  • 提供了可选择的搜索算法(SEQUEST™ HT、Mascot、MS Amanda、Byonic™、ProsightPD™),而且多种算法的输出可以结合起来,以尽可能扩大和交叉验证结果
  • 采用智能 INFERYS Resccoring 和 CHIMERYS 算法查找更多信息
  • 支持多种解离技术(HCD、CID、ETD 和 UVPD),以实现更完整的覆盖范围和可靠的 PTM 鉴定
  • 支持同量异位素质量标记(TMT、iTRAQ)、同位素标记(SILAC)和无标记定量技术
  • 以错误发现率(FDR)来验证肽和蛋白质 ID
高效且可扩展
  • 自动分析数据,并通过预置和可定制的工作流程简化 MSn 数据分析
  • 包括将定量分析对应至样品生物学信息的研究管理
  • 使用结果来完善数据采集,例如导出纳入和排除列表,以便直接导入仪器方法
  • 通过 GO 分类、PTM 位点和来自于公共数据库的文献引用,对已鉴定出来的蛋白质进行自动注释,说明其生物学背景信息
  • 加快数据对比、交换和验证,配合由 HUPO 蛋白质组学标准计划 (PSI) 开发的数据标准
  • 支持第三方节点进行数据处理,并实现大型数据集的处理
  • 以人工智能助力的快速、稳健的峰值选择和肽定量算法,可提取更多信息
  • 获得可靠的统计数据,并可视化视验证定量结果



Discover 3.1


•嵌合体™ 2.0:CHIMERYS智能搜索算法已改进为


支持数据独立分析和某些类型的并行反应监测


分析


•推断™ 3.0:INFERYS预测模型已经更新,包括翻译后修饰磷酸化。INFERYS的预测现在还包括


中性损失碎片,包括水、氨、羧基和磷酸盐损失。


•莫卡波特:CHIMERYS算法自动使用莫卡波特算法进行FDR


代替Percolator的控制。Mokapot算法速度快10倍


结果与Percolator非常相似。因此,CHIMERYS 2.0中的DDA分析为


显著快于在蛋白质组发现器3.0中释放的CHIMERYS 1.0。


•碎片离子定量器:这个新节点用于共识工作流中进行汇总


从芯片到肽组和蛋白质的DIA和PRM定量值


水平。碎片离子定量器的参数与


前体离子定量器和报告离子定量器节点。


•提高了共识工作流程的性能:共识的分析时间


使用更复杂的数据集,工作流减少了约20%


表现出分析时间的较大相对减少。


•支持Orbitrap™ Astral™ 质谱仪扫描头。


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有问题联系 sdbeta@qq.com
离线ganjun2001

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2024-04-22
只看该作者 沙发  发表于: 2023-08-26 11:19:37
    
离线mypwjclu

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2024-04-22
只看该作者 板凳  发表于: 2023-08-27 00:54:55
谢谢楼主分享。
离线biubiu

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2024-04-02
只看该作者 地板  发表于: 2023-10-10 23:43:49
              
离线沐颜

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2024-04-20
只看该作者 地下室  发表于: 2023-12-01 08:32:02
谢谢楼主分享。

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2023-12-05
只看该作者 5 发表于: 2023-12-05 23:47:58
感谢大佬分析
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离线rocketjishao

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2024-01-21
只看该作者 6 发表于: 2024-01-20 11:04:15
离线wu10393

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2024-04-19
只看该作者 7 发表于: 2024-01-20 15:31:58
这个软件没有使用过,希望能用
离线jianixrabbit

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2024-04-20
只看该作者 8 发表于: 2024-04-20 20:13:57
大佬,可以下载吗